日本人的祖先主要分為以下幾類：
繩文人。日本列島上的原始居民，可能源自東南太平洋地區。他們主要生活在日本的本土，包括本州、北海道和沖繩等地區。
彌生人。大約在3000年前從朝鮮半島遷移到日本，帶來了農業技術和鐵器，與繩文人混血，形成了現代日本人的主要祖先之一。
古朝鮮人和漢人。包括部分從中國北方和長江三角洲地區遷移到日本的人群，這些人群對日本的文化和技術發展產生了重要影響。
此外，還有一些傳說和理論提到，如徐福東渡帶來的童男童女成為日本祖先，以及春秋吳國後裔東渡日本的說法。這些理論和傳說反映了日本文化的多樣性和歷史上的文化交流。綜合來看，日本人的祖先背景非常複雜，涉及多個族群和文化交流，這些不同的祖先來源共同構成了今天日本人的基因和文化基礎。