日本自由行交通攻略主要包括以下幾點：
電子交通卡。推薦使用Suica（西瓜卡）或ICOCA，這些卡可以在大多數電車和公車上使用，包括捷運、巴士和部分新幹線。它們可以在機場、車站或便利店辦理，充值後即可使用。這些卡適用於大多數交通方式，非常方便。
JR PASS。適合在日本停留時間較長或計劃遊覽多個城市的遊客。JR PASS提供不同種類的套票，包括全國範圍、特定地區（如關西、東京）的選擇，以及新幹線通行權。JR PASS的使用靈活，但需在國外預定並換取實體卡。
捷運和一日券。在東京、大阪等大城市，捷運是非常便捷的交通方式。可以考慮購買一日券，在有效期內無限次乘坐捷運。
公共汽車。在日本的一些城市，公共汽車也是一種方便的交通方式。車票可以在上車前購買，單程票或一日券均可。
租用腳踏車。在小城鎮和旅遊景點，租用腳踏車可以更方便地探索當地風光。腳踏車道的發達使得這種方式既環保又經濟。
根據您的行程和目的地選擇合適的交通方式。如果您計劃在日本停留較長時間，購買JR PASS或電子交通卡會更為劃算；如果只是短暫訪問大城市，捷運和一日券可能更適合您。