日本的鐵路系統非常發達，包括多種類型的鐵路公司和服務。主要可以分爲以下幾類：
JR鐵路：原日本國有鐵道（Japan Railway），後分割民營化，成爲七家鐵路公司的合稱，包括JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR四國、JR九州以及JR貨物。這些公司運營的鐵路線覆蓋全日本，包括新幹線，是跨地區長途旅行的首選。
新幹線：屬於JR的一種，是日本的高速鐵路系統，也是亞洲最早的高速鐵路系統之一。新幹線是日本大區域之間移動的主力交通工具，類似於中國的高鐵。
私鐵（電鐵）：私營鐵路公司，主要承擔城市內或城市間的通勤運輸。私鐵線路通常分佈在各大都市圈，如東京的京阪電車和小田急電鐵等。
地下鐵：類似於地鐵，通常由當地市政府運營。地下鐵的線路有專屬的顏色標誌，站點有專門的代碼，便於乘客識別。
其他地方鐵路：包括路面電車和地方鐵路系統，通常服務於特定地區或城市內部。
日本的鐵路系統以準時和高安全性著稱，提供了多種類型的列車服務，包括特急、急行、快速和普通列車，以滿足不同乘客的需求。座位分爲“自由席”、“指定席”和“綠色（頭等）”，乘客可以根據自己的需求選擇座位類型。