明智光秀的死因有兩種說法：
自殺：明智光秀在路過一個叫小栗棲村的地方時遭到偷襲，被一名村民用削尖的長竹深深地刺入肋下，翻身落馬，土匪們一擁而上，將他殺死，並砍下了頭顱。另一種說法是侍衛們拚死將光秀救出，他知道自己受傷極重，肯定活不下去了，便切腹自殺。
被殺：另一種說法是明智光秀在寺內有火藥之類的易燃物，在信長部眾放火後，引發了大火和大爆炸，因此信長等人屍骨無存。四個月後，信長部將秀吉等人，在紫野大德寺為信長舉行的葬禮上，雕了兩尊信長的木像，其中一尊燒成灰作為遺骨下葬。意外洩密1582年7月3日，本能寺之變後僅僅十一天，又是一個深夜，明智光秀死了，意外地死在一群農民的竹槍之下。
以上兩種說法，具體哪種是正確的，目前沒有定論。