更換特區護照的流程大致如下：
準備材料。需要準備身份證原件及複印件、戶口簿原件及複印件，複印件應為A4規格，身份證需要複印正反面，戶口簿需要複印戶主頁和所在頁。還需要準備二寸正面免冠平面彩色近照，藍色背景，著深色有領上衣，照片大小48X33mm，頭部寬度21-24mm，頭部長度28-33mm（必須在公安局指定的照相館拍照，也可以在出入境拍照），建議在出入境拍照。
預約辦理。登錄香港政府一站通官網或深圳公安公眾號或移民局預約辦理，選擇合適的預約辦事處地點和日期。
填寫申請表。在預約的時間前往辦理，填寫《中國公民普通護照申請表》，申請表上需要寫上老護照的證件號。
提交材料並繳費。提交準備的材料並繳納相應的費用。
等待辦理。工作人員會檢查申請材料是否齊全，符合法定形式的話，會當場受理。
領取新護照。辦理完成後，可以領取新的特區護照。
此外，在辦理過程中，還需要注意一些特殊情況，如國家工作人員、現役軍人等需要提交額外的材料或履行特定的報批手續。如果申請人未滿16周歲，需要監護人陪同，並提交監護人出具的同意出境的意見、監護人的居民身份證或者戶口簿等。