根外施肥的不足主要包括：
不能完全代替根部施肥。根外施肥主要補充和調節植物的營養，不能代替土壤施肥，特別是在作物生長的前期和根系活力降低時。
對某些葉片效果較差。特別是對於角質層較厚的葉片，如柑橘類，效果較差。
濃度控制困難。噴施濃度稍高可能會導致葉片傷害，出現「燒苗」現象。
肥效快但持續時間有限。葉面噴施的肥效快，但效果通常在當年或生長季節中的某一時期內有效。
經濟性不如根部施肥。儘管葉面施肥的用量較少，但總體成本可能仍然較高。
環保性較差。肥料不經土壤吸收，可能導致地下水污染。
因此，根外施肥應作為土壤施肥的補充手段，在特定情況下使用，以避免對植物造成不必要的傷害或負面影響。