模式種是生物分類學上的一箇名詞，用來代表一箇屬或屬以下分類羣的物種。 模式種通常是指被首次發現的，且被描述並發表的物種，它不僅是有效種，而且也作爲分類學上的參考標準，確保名稱的穩定性。例如，在細菌學中，模式種可以作爲標準菌株命名和使用。