《死印》是一款視覺小說遊戲，玩家在遊戲中需要做出決策來推動故事的發展。遊戲中有兩種類型的選項：
通常選項。這類選項沒有時間限制，玩家可以仔細考慮後做出選擇。通常選項對後續劇情發展沒有影響，但可能會影響對話內容。
Deadly Choice（致命選擇）。這類選項有時間限制，錯誤的選擇會導致遊戲結束。玩家需要回憶上下文來做出正確的選擇。
遊戲提供四個存檔位，玩家可以在九條館和自由探索時存檔。在進行Deadly Choice時，遊戲會自動存檔，如果因錯誤選擇導致死亡，可以讀取手動存檔或回到選擇前的狀態。建議在收集齊最後一個關鍵物品前進行手動存檔。
遊戲地圖的方向是固定的，玩家需要根據即時地圖上箭頭的方向來判斷行動方向。在某些特定場所探索時，如果聽到特殊音效並用手機照亮地圖，可能會有小驚喜。
例如，在九條館的部分選項有：
忽略提示直接上二樓/與人影打招呼/走近人影（離開少女/觸碰少女）。
走近時鐘/直接去房間/等待響聲停止（盯著看/目移變好了/般般吧/爛透了）。
在這裡等死（Game Over）/反抗シルシ（Good）。
在H國小的部分選項有：
不，不同/就是那樣/這是靈異場所嗎？（影響對話但劇情差異不大）。
是/並不/看不太清楚/還不到20歲/班上最高的/說不定就是那樣的年紀（Bad/Good）。
選擇不同的同行者如萌或司，會影響對話但故事情節不會有太大差異。《死印》是一個充滿選擇和驚喜的遊戲，玩家需要仔細考慮每一步來體驗不同的故事結局。