清理毛蚶的步驟如下：
將毛蚶放入清水中，使用筷子將毛蚶與盆底隔開，因為毛蚶的位置一直都是在水盆中央，吐出來的沙子會直接沉底，這樣懸在中間的毛蚶再吸進來的水又是乾淨的。
向清水中加入一點海鹽，使其溶於清水中，營造海水的味道，再滴幾滴痲油，這樣2~3小時後就會看到盆底的髒東西會有很多。
用清水洗淨殼上的髒污。
準備好冰水，用尖刀沿著殼縫插進去撬開，取出肉放在準備好的冰水裡過1分鐘再撈起，這樣處理後的毛蚶口感會更好。
需要注意的是，生食毛蚶時衛生安全非常重要，除了長時間的清水浸泡，還可以搭配蒜蓉或酒一起食用，因為蒜和酒都有殺菌作用。