水宜生水杯的使用方法主要包括以下幾個方面：
第一次使用前，需要對水杯進行清洗。打開水杯蓋，倒入開水，上下晃動水杯，倒掉水分，重複此過程直到倒出的水清澈。
日常使用方法。對於冷水，將純淨水、礦泉水、冷開水或淨化後的水倒入水杯中，約三分鐘後，上下晃動後再飲用。熱水則將水燒開後倒入水杯，等水溫自然冷卻至50度左右後飲用。
泡茶時，可以將開水倒入水杯中，等待10分鐘後泡茶；也可以將泡好的茶葉水倒入水杯中，5至10分鐘後飲用；或者將茶葉直接放入水杯，但需確保沒有茶葉末。
水杯中的功能杯芯可根據水質不同處理1.5至2.0噸的水，其使用壽命在3至4年。到期後需更換功能芯。
定期檢驗水杯功效，例如使用pH試劑檢測水質，或者用食用油滴在水中觀察油滴的分散情況。
定期清潔水杯，每月左右使用檸檬酸或白醋進行清洗，以去除水垢和雜質。若水質較硬，可每半個月清洗一次。