水晶靈擺的使用方法主要包括以下幾個步驟：
確認靈擺水晶的振動方向。讓靈擺通過自己的手觸摸一個熟悉而安全的物品，並記錄振動方向，以便使用。
使用靈擺水晶時，應該放鬆自己的身體與心態，安靜下來，專注於自己的意圖。然後，讓靈擺掛上鏈子或線，保持水平狀態，讓鏈子固定在手指上懸掛。
在使用時，要定下問題或目標，比如尋找物品、清理能量、獲取答案等，然後通過靈擺水晶的晃動方向、振動頻率及長度等來判斷答案或尋找物品等。
淨化。使用水晶靈擺前，需要進行淨化的手續，尤其是使用水晶者都會知道有一個步驟叫做消磁，其實是重新調整水晶的頻率，讓他回歸到最自然的震動方式。
連結。其實就是一個專心一意並且進入到寧靜之中的動作，藉由這樣的動作讓自己可以更快的與靈擺聯繫上。
提問。使用靈擺是一種占卜方式，因此問題越明確卻容易獲得答案，儘量以是非題來作為問題型態。
觀察擺動。首先必須要設定轉向，一般來說在北半球的律動慣性是順時針轉動，就算沒有設定方向的狀況下，在正向能量強的地方也會向順時針旋轉，在負向能量強的地方則反之。
沉靜。這個動作是類似歸零，也是將使用者的狀態。
需要注意的是，使用水晶靈擺時，手抓住線的位置與靈擺的距離最好在15-30公分左右，通過觀察靈擺逆時針、還是順時針轉動來得出問題的答案。同時，通過靈擺來占卜問題，也是有一定技巧的，其中關鍵的一點就是不能讓靈擺來做決定，只能提出參考的建議，並且問題越具體越好。