水母娘娘的故事有很多版本，以下是其中兩個版本：
版本一：
在古代中國神話中，東海之中有一個名叫“度朔”的山澤，山上有一棵大桃樹，桃樹的東北方有一門，門上畫著神荼、鬱壘，這兩個神靈專門懲治那些不守規矩的小鬼，保護村民安居樂業。東海之中有一座海游山，山上有一隻大水母，據說能統領她的水族部下。在古代中國神話中水母被尊為娘娘，據說東海之濱的漁民都知道這個娘娘，每當海上風浪大作時，他們就會到岸上或井上，對著水娘娘祈禱平安。
版本二：
相傳水母娘娘是仙女織女和董永之女七仙女在人間隱身而成的。織女偷偷下凡化名柯碧荷與放牛的小伙子牛郎成親並生一男孩。王母娘娘得知織女私嫁凡人，生兒育女後惱羞成怒遂將織女捉回，牛郎帶著兒子追至南天門，在群仙的幫助下從南天門進入小蓬萊。正巧遇到水草豐美、鳥語花香、百花爭艷、百瀑奇麗的東海之濱的一處仙境——海游山。當他們轉悠一通，又累又餓昏到洞口時，被正在草屋外撲蝴蝶的柯碧荷和水母娘娘搭救。後來牛郎、織女和柯碧荷父女在海游山安了家。
這兩個故事版本中都提到了水母娘娘的形象和傳說，但具體情節有所不同。