水污染主要由有害化學物質造成，這些物質導致水的使用價值降低或喪失，並污染環境。
水污染的原因包括工業廢水、生活污水、農業污水等未經處理而排入水體。這些污染物中可能含有酸、鹼、氧化劑以及重金屬化合物（如銅、鎘、汞、砷）和有機毒物（如苯、二氯乙烷、乙二醇），這些物質會毒死水生生物，影響飲用水源和風景區景觀。生活污水中可能含有各種病菌，這些病菌若未經過淨化處理而直接排入水體，可能導致使用這些污水的人們患上疾病。農業生產中使用的農藥和化肥等含有營養元素和有毒物質，若直接排入水體，會導致藻類大量繁殖，造成水體富營養化，進而影響水生生物和飲用水源。
此外，森林砍伐、水土流失、礦山污水等也會對水體造成污染。