水稻的施肥方法主要包括以下幾個方面：
施肥原則。根據土壤養分狀況控制氮磷肥用量，適當減少鉀肥用量。減少基櫱肥施氮量，拔節期穗肥施氮比例增加到30%。適當補充中微量元素，施用硫酸鋅等含鋅返青肥。推薦有機無機結合，通過秸稈還田、施用有機肥等增加有機養分投入。酸性土壤適當施用具有調酸作用的土壤調理劑或基施生石灰，磷肥選用鈣鎂磷肥等鹼性肥料。鹼性土壤基肥選用磷酸一銨等酸性肥料，追肥選用硫酸銨，少用或不用尿素。
施肥建議。磷肥（P2O5）用量2.5~4.5公斤/畝，鉀肥（K2O）用量3~6公斤/畝。氮肥用量因目標產量而異，產量水平500公斤/畝以下，氮肥（N）用量6~7公斤/畝；產量水平500~600公斤/畝，氮肥（N）用量7~8公斤/畝；產量水平600公斤/畝以上，氮肥（N）用量8~9公斤/畝。
施肥時期。基肥在水稻種植之前施入，占化肥總量的40%，結合最後一次耙田施用。分櫱肥在移栽後或插秧後半個月後施入。穗肥在穗軸分化期至穎花分化期施用，保花肥在花粉細胞減數分裂期稍前施用。
施肥方法。主要有前輕-中重-後補法和前穩-攻中法。前輕-中重-後補法施足量基肥、適量分櫱肥、合理施用穗肥、根據植株生長酌情施用粒肥。前穩-攻中法有利於提高有效分櫱率、大穗結實率、顆粒增重率。
此外，還有側深施肥技術，適用於黏土、重壤土等保肥力較強的稻田，以及底肥一道清施肥法，適用於土壤肥力較弱的稻田。