水稻根系的深度通常在30至150厘米之間，這個範圍可以根據水稻的生長發育階段、品種、種植條件等因素有所變化。主根在生長初期可以快速向下生長達30厘米，之後生長速度逐漸減緩並可能停止。側根則從主根的基部向外生長，形成密集的根網，分布在地下水平距離30-40厘米、深度15-20厘米的範圍內。
最適生長深度為20-25厘米，這個深度下的土壤含有豐富的養分和水分，能夠滿足水稻的正常生長和發育。根系生長深度最大可達60厘米左右，但最適生長深度並不等於最大生長深度。在幼苗期，根系需種植在離土壤表面12-15厘米的地方，而在分櫱期和抽穗期，需要適當加深種植深度。
水稻根系主要由種子根、冠根、側根及側根上的根毛構成，其中種子根在胚胎發育早期起到吸收水分和支撐的作用，隨後退化消失。冠根、側根是水稻根系的主要部分，其分布較淺，主要在0-20cm的土層，大部分在10cm以內的表層。粳稻相比秈稻紮根更深。