水蚤的繁殖過程非常高效，主要依賴於孤雌生殖（單性生殖），這種方式在水溫適宜（15-25℃）且食物充足時尤為常見。在理想的條件下，水蚤幾乎不需要交配即可直接產生新的後代，這種繁殖方式被稱為複製繁殖。水蚤的繁殖速度極快，新生的水蚤在2天內就可以成熟並開始繁殖，數日內就能大量增加。
然而，當環境條件變得不利，如水溫過高或食物短缺時，水蚤會轉而進行有性生殖，即產生雌雄個體。這種生殖方式在水蚤數量急劇減少或環境條件發生劇烈變化時尤為常見。
為了支持水蚤的繁殖，可以準備一個大點的容器，接入魚缸里的老水，並倒入適量的水藻進行繁殖。此外，如果沒有濾水，可以使用酵母粉作為食物來源，將少量酵母粉溶解在溫水中後投餵水蚤。初次投餵量應少，以便觀察水體的反應，後期可以根據情況逐漸增加。