處理沉木的方法主要包括以下幾個步驟：
初步清潔。將沉木放入清水中，用刷子徹底清洗，去除灰塵和細菌。
煮沸處理。將沉木放入清水中並加入適量的鹽，煮5個小時左右，以去除沉木的黃色素並起到殺菌作用。煮沸的目的不僅是殺死細菌，還能加快沉木的沉水速度及一些黃水成分的析出。
浸泡。煮沸後，用清水浸泡沉木，重複換水幾次，直到水質清澈。
噴水保溼。將處理好的沉木取出，噴上水，並用紙或布包起來，放置一天，以便於沉木更好地適應魚缸環境。
解決沉木發黴問題。如果沉木發黴，可以使用生物去除法（如投放金苔鼠等魚類進行清除）、牙膏清除法（用擠上牙膏的牙刷在沉木白毛的地方反覆刷）、及時換水、煮沸消毒或高錳酸鉀浸泡等方法進行處理。
晾乾和存放。處理好的沉木應曬乾，避免放到陰涼潮溼的地方，以防滋生細菌和真菌。
在處理過程中，還需注意以下幾點：
購買時選擇無刺鼻氣味、造型合適的沉木。
對於網購的沉木，因爲已經經過一定的殺菌處理，煮沸和浸泡可以清除其自帶的黃水特性。
對於野採的沉木，應先清理表面，然後進行沸水煮或高錳酸鉀泡的處理。