沿河城市的主要弊端包括：
容易受到洪澇災害的影響。特別是在豐水季節，河流的洪水可能導致城市遭受災害，威脅居民的生活和財產安全。
城市功能區可能被河流分割。當城市發展橫跨河流兩岸時，河流可能阻礙城市功能區的聯繫，增加交通建設的難度和費用。
河流對生態系統的影響。包括水質污染和生物多樣性的破壞。
土壤侵蝕和地基不穩定。河流兩岸的土壤可能因河水沖刷而鬆軟，導致地基不穩定，增加建築風險。
水患災害的威脅。城市工業廢水和生活污水可能未經處理直接排入河流，造成水體污染，進而影響城市生態環境。
此外，沿河城市還可能面臨其他挑戰，如建築設施老化、城市橋梁和河道未得到有效開發利用等。