洋蔥會發苦的原因主要有兩個方面：
洋蔥的質量和生長環境：洋蔥可能會因爲質量不佳或者在生長過程中受到不良環境條件的影響而產生苦味素，這種苦味素對身體無大影響，但會影響口感。
洋蔥受損後形成的硫化合物：當洋蔥受損時，如切開或榨汁，會形成一種叫做蔥油酸（Allithiolanes）的硫化合物，這些化合物會自發形成，導致洋蔥發苦。這種化合物不僅存在於洋蔥中，韭菜和大蒜中也含有這種物質。
此外，如果洋蔥在高溫環境中存放過久，其中的二烯丙基硫化物可能會發生變化，產生苦味，但這通常不含有細菌、黴菌等致病成分或有毒物質，適量進食不會對身體健康造成嚴重不良影響。然而，如果洋蔥變質後發苦，常伴有腐爛、異味等情況，此時應避免進食，以免攝入過多有害細菌、黴菌等物質，導致腹瀉、嘔吐、腹痛等中毒症狀。