海水倒灌的成因主要取決於地質結構、岩層密度、潮汐、颱風、取水量和地形地勢等因素。以下是部分原因介紹：
沿岸地質結構、岩石類型、裂隙大小以及海水和地下水的連通性。
地勢低平地區遇到潮汐、巨浪時，如季風氣候區河流的入海口，在夏季河水與海水水位相等，而冬季河水水位下降，導致海水倒灌。
地下水的過分開採導致陸地水體水位低於海平面，從而引發海水倒灌。
中游、上游農業、生產用水多，導致河流下游水量減少，水位下降，進而引發海水倒灌。
過度采沙，河床下降，導致海水倒灌。
全球變暖導致海平面升高，使得海水水位高於陸地河流水位，直接發生倒流，導致陸地河水鹹化，不能直接使用。
出現有固定時間的天文大潮。
沿海地區地勢低窪處。