牛蒡的採收方法主要包括以下幾個步驟：
收割。使用鐮刀或類似的工具將牛蒡的地上部分收割，割去葉片，保留15至20釐米的葉柄，然後用鋤或鏟子去除鬆散的土壤層，之後用手拔起根部。
存儲。如果收割後的牛蒡不能及時出售，可以切斷根尖，洗淨後晾乾，存放在陰涼乾燥處。一種方法是挖坑，將牛蒡埋在沙中，並蓋上薄膜，這樣可以存放數月。有條件的農戶還可以將牛蒡存儲在冷庫中。
加工。牛蒡根可以切成小塊煮熟後食用，或者製成其他食品。對於牛蒡子總苞的採收，應在總苞呈現黃色時進行，由於總苞上有鉤刺，採收時應做好眼睛和手的防護，一般選擇陰天或早晨採收比較好。採收後的果實應攤開晾曬，以便充分乾燥後脫粒。
牛蒡的採收時機也需要注意，例如春播的牛蒡可從9月至翌年3月隨時採收，而秋播的牛蒡可在次年5月下旬至8月採收。收穫過晚可能導致牛蒡空心，影響品質。