《牧羊人之心》的技能系統包含多種技能類型和效果，具體如下：
無法行動（眩暈或冰凍）。這是兩個主要的控制效果，由不同裝備和技能觸發，如捕蟲網和冰晶盾分別提供8%和5%的眩暈率，普通攻擊使對面無法行動的機率為31%。眩暈時間不會疊加，如果在對方眩暈狀態下再次觸發，時間會重置而非累加。
擊退。所有普通攻擊都附帶小段擊退效果，強化普攻技能附帶更遠的擊退。
嘲諷、混亂和魅惑。嘲諷強制對方普攻釋放者，混亂使優先普攻隊友，魅惑則使普攻隊友。這些效果在不同角色和情境下影響戰術選擇。
分裂形技能。如大根子的分裂技能，分裂出個體，繼承攻速、暴擊、攻擊、防禦、血量、敏捷等屬性。
普攻形技能。如花藕子和大炮梅妃的技能，特點是觸發攻擊異常狀態機率和暴擊。
強化普攻形技能。如MIO的技能，需要按完技能後平A才能打出特效。
此外，《牧羊人之心》的角色如長春，具有高攻擊力，需要良好的走位技巧，其技能「全彈發射」能向前發射多發自魚雷，根據等級不同，可造成的傷害也不同。