特殊染色的原理主要基於以下幾個方面：
利用染料對細胞的滲透性不同，或染料和化學試劑與細胞內物質發生化學反應，從而使特定細胞或細胞內物質呈現特殊的顏色。
組織或細胞內的不同物質成分具有不同的化學性質，這些性質決定了它們與染料的相互作用，例如，結締組織、肌肉組織、神經組織、脂質、蛋白質和核酸等都會以不同的方式與染料反應。
特殊染色還涉及免疫組織化學染色技術，這種方法利用抗原和抗體反應的原理，通過在抗體上標記螢光或可呈現顏色的化學物質來檢測特定的抗原。這種方法可以用於檢測抗原的表達量和位置，適用於蛋白質、核酸、多糖、病原體等的檢測。
綜上所述，特殊染色是一種多技術的結合，它不僅包括傳統的基於染料和化學試劑的染色方法，還包括免疫組織化學等現代技術，這些技術使得特殊染色在醫學診斷和研究中發揮著重要作用。