玉髓的顏色非常豐富，主要包括以下幾種：
藍玉髓：含銅量不同導致顏色深淺不一，通常呈現淡藍色至微微發白。
黃玉髓：通常是褐鐵礦浸染的結果，也可以是人工着色的金黃或蜜黃色。
白玉髓：呈奶白色，圓潤、通透、細膩。
紅玉髓：橙色至紅色的半透明玉髓，紅色由鐵氧化物雜質所致。
紫玉髓：深紫紅色，臘狀光澤明亮，紫色光彩淡柔。
此外，玉髓還有其他顏色，如白色、黃色、紅色、粉色、綠色等。玉髓的顏色主要由內部含有的礦物元素如鐵、鋁、鈦、錳等的多少不同形成。常見的玉髓顏色包括透明至白色，以及紅色、綠色、藍色、紫色等鮮亮的顏色。天然藍色綠玉髓較少見，而紫色玉髓的著名產地爲印度尼西亞。黑玉髓與黑色火山玻璃（黑曜岩）外觀相似，較爲少見。