製作珍珠糖的方法有多種，這裏提供兩種常見的製作方法。
使用木薯粉製作珍珠糖的步驟爲：
在煮鍋中加清水和紅糖，中火煮沸，紅糖融化後，趁熱倒入木薯粉，關火，用刮刀快速攪拌均勻。
揉成光滑的粉團，將粉團搓成小長條，切成小粒，用手掌心順時針將小粒搓成小圓球。
煮鍋中加大半鍋清水燒開，倒入紅糖珍珠，煮沸後攪拌均勻，煮七八分鐘左右後撈出放清水沖涼，重新加清水放紅糖珍珠再次煮開，中小火煮七八分鐘後關火蓋蓋子燜一刻鐘左右，將紅糖珍珠撈出放涼開水中浸泡一會即可。
使用低粉、麥燕片、小蘇打、亞麻籽、鹽等材料製作香蕉珍珠糖的步驟爲：
將低粉、麥燕片、小蘇打、亞麻籽、鹽混合均勻。
黃油室溫軟化後加入黃糖攪打蓬鬆，加入肉桂粉攪拌均勻。
加入雞蛋攪拌均勻。
加入蔓越梅乾和葡萄乾攪拌均勻。
加入壓碎的香蕉泥、核桃碎、葵花籽攪拌均勻。
加入混合好的粉類，用刮刀切拌均勻。
舀一大勺在墊了油紙的烤盤上，稍稍壓平。
烤箱預熱至175度，將餅乾坯放在烤箱裏，上下火烤25分鐘，出爐冷卻密封存放。