生酮咖啡的原理主要基於生酮飲食，通過減少碳水化合物的攝入並增加脂肪的攝入，促使身體轉變為以脂肪為主要的能量來源。
在生酮飲食中，身體利用脂肪代替葡萄糖（一種來自碳水化合物的糖類）作為主要的能量來源。這種飲食方式將導致身體進入一種稱為生酮狀態的狀態，此時身體開始燃燒脂肪以獲取能量。生酮咖啡中的咖啡因也有助於促進脂肪分解，增加血液中的脂肪酸濃度，使脂肪酸更容易被肌肉吸收並轉化為能量。
此外，咖啡因還具有利尿作用，可以幫助身體排出多餘的水分，進一步減輕體重。然而，生酮飲食和咖啡因的使用都可能帶來一些副作用，如血脂上升、腹瀉、腎結石風險等。因此，使用生酮咖啡時應遵循正確的指導原則，並注意可能的副作用。