甲酸乙酯的毒性主要體現在其揮發性和吸入途徑。由於其低揮發性，甲酸乙酯易於蒸發成氣體，並在空氣中迅速擴散。長時間暴露於高濃度的甲酸乙酯蒸氣中可能導致頭暈、噁心、嘔吐、眼和呼吸道刺激等症狀。較高濃度的暴露甚至可能導致中樞神經系統抑制和嚴重的呼吸困難。
此外，甲酸乙酯還可以通過皮膚接觸進入人體。長時間的皮膚接觸可能導致皮膚刺激、乾燥和炎症。對於某些人群，如對甲酸乙酯過敏的人或有皮膚損傷的人，皮膚接觸可能導致更嚴重的反應。因此，在使用甲酸乙酯時，應採取相應的防護措施，如佩戴防護手套和穿戴防護服。
動物實驗表明，長期暴露於甲酸乙酯可能對肝臟、腎臟和心血管系統造成損害。然而，目前對於長期暴露於低濃度甲酸乙酯的影響尚不清楚，因此需要進一步的研究來評估其潛在的慢性毒性和長期健康效應。