男士保健內褲的主要功效在於提供額外的保護和舒適感，以維護男性的生殖和泌尿系統健康。
男士保健內褲通常採用特殊的面料和設計，如使用聚酯纖維、聚丙烯等材料，這些材料可以提供適當的支撐和保護，減少敏感區域的壓力和摩擦，有助於減輕陰囊疼痛、鼠蹊部濕疹等常見男性健康問題。一些保健內褲還聲稱具有抗菌、吸濕排汗等功能，以提高穿著者的舒適度和健康狀況。另外，有些保健內褲中嵌有永久仿生磁石，通過釋放的磁場強度與地球的磁場相互作用，對腰椎進行磁療保健按摩。
需要注意的是，雖然男士保健內褲可能提供一定的保護和舒適性，但它們的作用有限，不能替代專業的醫療治療。如果男性身體出現不適症狀，應及時就醫。