硝化細菌的使用方法包括以下幾個方面：
提供濾材。確保魚缸中有適合硝化細菌附著的濾材，這是非常重要的，因為沒有濾材，即使添加了再多的硝化細菌也難以發揮作用。
適宜的溫度範圍。硝化細菌在理論上可以在5到40度的環境中存活，但在20到35度之間的條件下其活性最好，因此，無論養的是冷水魚還是熱帶魚，只要水溫適宜，就不需要特別擔心溫度問題。
用量。每個品牌的硝化細菌都有推薦的標準用量，例如100升水使用一粒，在開缸時，通常需要將用量翻倍，而在日常換水時，則根據魚缸的具體情況適量添加。
激活。開缸時，硝化細菌需要食物和氧氣來激活，食物可以通過添加闖缸魚、舊濾材或菌糧來提供，同時要確保水泵充分循環，也可以配合使用氧氣泵。
添加時機和來源。硝化細菌在新魚缸建成後、加入底砂、過濾器和水草等生物和設施時初次添加非常關鍵，可以來源於其他穩定運行的魚缸中的底砂或過濾棉，也可以購買市售的硝化細菌液體或粉末狀產品。
維護過程。在魚缸的日常維護過程中，可以根據水質情況適當補充硝化細菌。