硫氰酸確實具有毒性，它對眼睛和皮膚有刺激作用。硫氰酸鈉是一種有毒有害物質，大量攝入會導致急性中毒。這種急性毒性主要是由於硫氰酸鈉在體內釋放的氰根離子引起的。氰根離子能迅速與細胞色素氧化酶中的三價鐵離子結合，抑制酶的活性，導致組織無法利用氧氣，從而引起噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等腸道功能紊亂，血壓波動，心率減慢。重度中毒可能導致腎功能明顯損害。
硫氰酸鹽的慢性毒性主要表現為抑制碘的運轉和甲狀腺激素的合成，惡化碘缺乏症，因此它是影響甲狀腺疾病發生的一個重要化合物。食用過多的硫氰酸鹽可能導致體內硫氰酸鹽大量蓄積，刺激胃腸道，引起噁心、嘔吐、腹瀉等症狀。此外，還可能導致頭暈、頭痛，因為硫氰酸鹽口服製劑可以通過抑制甲狀腺對碘的攝取來增加甲狀腺素的合成。過量攝入硫氰酸鹽可能導致中毒，表現為嘔吐、呼吸困難等症狀，嚴重時甚至可能出現昏迷。還可能出現皮膚瘙癢、紅腫、皮疹等症狀，嚴重時甚至出現喉頭水腫、呼吸困難、意識障礙等情況。
在處理硫氰酸時，應注意其不純的製劑中可能含有HCN或(CN)2，必須防止氰化氫和氰中毒。硫氰酸鉀本身無毒，但遇到酸性物質時會產生劇毒，因為含有氰元素。