福建人的祖先主要包括北方地區的漢族和當地土著居民。
福建人的祖先並非全部是漢族，其中包括海上蒙古利亞人、尼格羅矮黑人、印尼人等土著居民。這些土著居民在福建生活並逐漸漢化，形成了今天的福建人的一部分。在秦漢時期，由於福建地區偏遠，很少有漢人遷徙至此，因此福建人的祖先中土著居民的成分占據很大比例。隨著歷史的推移，許多漢族人南遷入閩，其中包括永嘉之亂期間從北方中原地區遷來的漢人。這些移民中包含了八個大家族，如林、陳、黃、鄭、詹、丘、胡等，他們在福建形成了大家族，對福建的人口結構產生了深遠影響。
此外，唐朝末年，河南光州固始人王審知率部進入福建，成為閩王，引發了中原人口大規模遷徙到福建，形成了第三次移民潮。這些移民潮的來臨，不僅改變了福建的人口結構，也促進了福建的經濟和文化發展。