秦姓的起源較為複雜，主要有三種說法。秦姓最早源於姬姓，周武王封其弟周公於魯，周公之子伯禽的裔孫食采於秦邑，子孫以邑名為姓。
另一種說法是，周孝王封伯益的後裔非子於秦亭，建立秦國。秦國滅亡後，其王族子孫以「秦」為姓。還有一種說法是，出自嬴姓，為顓頊帝的後裔，以國名為姓。此外，還有一些其他族群改姓為秦，如巴爾虎蒙古穆奇德氏、古代大秦人（羅馬帝國）來華、蒙古族、滿族、達斡爾族等，他們漢化後改姓為秦。
秦姓的分布也較為廣泛，先秦時期主要活動於河南、陝西、山東、四川、湖北、河北等地區。隨著歷史的發展，秦姓向各地遷移，如在西漢初期，劉邦將山東的秦姓人口遷移至關中地區，同時也向江蘇等東南地區遷移。到了三國兩晉時期，秦姓在四川、中原地區繼續發展，並在湖南、江西開始分布。宋元明清時期，秦姓進一步遷入廣西、貴州、福建等地。