秦檜害岳飛的原因主要有以下幾點：
政治利益：秦檜爲了向金國的主子表示忠心，以促成議和，因爲金國是最大的受益者。秦檜需要全力以赴來促成議和，而岳飛作爲主戰派，一直阻止議和，還特別能打，成爲了金人必須要除掉的一顆釘子。
個人野心：秦檜爲了自己的政治主張得以實施，就一定要除掉岳飛。秦檜要想往上爬，自然要排斥那些與自己意見不一的官員。
皇帝意志：秦檜只是宋高宗趙構的意志的執行者。宋高宗趙構膽小怕事，沒有收復疆土的決心和膽量，而且岳飛力主迎回宋徽宗和宋欽宗，對於宋高宗趙構來說，一旦這兩位皇帝回來，自己又將處在一箇什麼樣的位置呢？秦檜在明白宋高宗這位皇帝的心意後，所以纔敢於以“莫須有”的罪名來誣陷岳飛。
岳飛的個性：岳飛個性剛強，不容易與人合作，並且容易說話得罪人。其中，最明顯的是就是岳飛上書趙構，讓他選定。
因此，秦檜害岳飛的原因是多方面的，既有政治利益的考量，也有個人野心的驅使，還有皇帝意志的影響，以及岳飛個性的原因。