種子休眠的原因多樣，主要包括以下幾點：
種胚發育不成熟。一些種子雖然在形態上看起來成熟並已脫離母株，但其內部的種胚可能尚未發育完全，需要從胚乳中吸收養分，完成形態和生理上的成熟。
種皮的障礙。種皮可能具有不透水性、不透氣性或機械約束作用，阻止水分和氧氣進入種子，或者阻礙胚突破種皮。
存在抑制物質。種子內部可能存在抑製發芽的物質，如胺類、有機酸、植物鹼等，這些物質存在於種皮、胚乳或胚部，對發芽有抑製作用。
環境條件影響。種子可能因為環境條件不適宜而處於休眠狀態，例如不良的環境條件可能導致種子產生二次休眠，即使將種子移置正常條件，它們仍然不能萌發。
解除種子休眠的方法包括物理和化學處理，如破壞種皮或去除種殼，以及使用激素處理等。