精靈球Plus的使用方法包括以下幾點：
啓動和互動。按一下白色的按鈕激活精靈球（白色燈光亮起），長按紅白兩鍵查看電量，不同顏色的電量指示燈表示不同的電量狀態（三格綠色、兩格藍色、一格紅色）。搖晃精靈球模擬Y鍵操作，某些情況下可能需要搖晃兩次。
寶可夢互動。長按白色按鈕喚醒寶可夢（對應寶可夢顏色的燈光亮起），喚醒後搖一搖進行互動，長按喚醒後同時按紅白兩鍵切換靜音模式。即使燈光關閉，也可以帶寶可夢增加步數。
捕捉和攜帶。當野生寶可夢出現時，拿出精靈球Plus做出丟出動作進行捕捉。捕捉成功後，精靈球Plus會亮起並震動，伴隨寶可夢的獨特叫聲。帶着寶可夢在真實世界中閒逛時，輕輕搖動精靈球Plus，裏面的寶可夢會發出叫聲，精靈球也會震動。當附近出現寶可夢時，精靈球Plus會亮起並震動，按一次按鈕即可丟出精靈球進行捕捉。
攜帶寶可夢。在遊戲中，選擇“帶你的寶可夢散步”，連接精靈球Plus，選擇想帶走的寶可夢，然後寶可夢會被髮送到精靈球Plus上。要將寶可夢送迴游戲，請確保已保存遊戲進度，以防意外刪除存檔數據。
控制器功能。精靈球Plus可以代替JoyCon作爲遊戲的控制器，支持多人遊玩（雙人模式）。在捕捉寶可夢時，兩人可以配合時機同時投出精靈球。
Pokémon GO Plus功能。精靈球Plus也能作爲Pokémon GO Plus使用，支持自動旋轉照片碟片功能。