紅曲的製作過程主要包括以下幾個步驟：
準備糯米：首先，需要準備2斤圓糯米，並提前用清水浸泡一箇晚上。泡好的糯米會明顯變大，然後瀝乾水分。
蒸煮糯米：將糯米倒入蒸籠中攤平，用筷子在表面紮上透氣孔，蓋上蓋子蒸30分鐘。
冷卻糯米：蒸好的糯米飯倒入無水無油的大盆中攤開放涼至30度。
準備九曲：準備九曲，兩個九曲可以用於2斤糯米。九曲需要搗碎後均勻撒在糯米飯中，使每一粒糯米都能裹上九曲。
發酵：將裹上九曲的糯米飯倒入無水無油的酒缸中，加入5斤的純淨水或涼白開。然後加入60克左右的紅曲米，如果想要酒味重點可以多加一些。蓋上蓋子發酵15天，最開始的5天裏每24小時攪拌一次，使酒缸中的糯米能夠充分的發酵。
收成：時間到了，酒糟基本和酒體分離，這樣酒體清澈，酒香味濃郁的紅曲米酒就做好了。
以上是紅曲的現代製作過程。而在古代，紅曲的製作過程有所不同。例如，明朝《飲膳正要》記載的紅曲古法製造過程是選擇暗紅色的紅土，挖一箇深坑，在坑的上下週圍均勻鋪上草蓆再將粳米倒於其中，上壓重石，使紅曲真菌寄生於粳米經發酵慢慢會轉爲紅色。歷經三至四年後，米粒外皮呈現紫色，米心也是紅色，表示發酵完成，品質良好；即可收成。萬一米心仍是白色，表示發酵未成，品質欠佳。