紅曲的製作流程主要包括以下步驟：
浸泡。使用秈米作為原料，首先將米淘洗後浸泡一整晚。
蒸煮。浸泡好的米需要進行蒸煮，通常將米蒸至八成熟，期間用木耙翻動幾次以保證均勻散熱。
降溫。蒸煮後的米飯需要降溫至適宜溫度，一般為30至40度左右。
接種曲種。將預先準備的曲種（一種由多種藥材和蒸熟的米飯攪拌發酵配製而成的種子）與米飯均勻攪拌，讓曲種與米飯彼此滲透、互相吸附。
發酵。將處理好的米飯放入容器中進行發酵，發酵時間根據不同的方法和環境條件而異，通常需要經過多次翻動和調整溫度，以確保發酵過程順利進行。
晾曬與保存。發酵完成後，將紅曲晾曬乾燥，然後妥善保存，以供後續使用。
這些步驟不僅適用於紅曲的製作，也體現了傳統發酵技術中對溫度、濕度和微生物管理的精細要求。