細菌鑑定流程通常包括以下幾個步驟：
獲取純培養菌落。首先需要獲得被鑑定菌種的純培養菌落。
形態學檢查。通過革蘭染色或抗酸染色等染色方法確定細菌的染色性質，並觀察其形態和排列。
生化試驗。進行一系列生化試驗，根據不同的酶系和代謝活動來鑑定細菌。
血清學試驗。利用已知特異抗體的免疫血清與分離培養出的未知純種細菌進行血清學試驗。
核酸和二代測序方法。利用聚合酶鏈反應(PCR)等分子技術檢測細菌的核酸，或使用二代測序(NGS)方法對宏基因組進行測序，以檢測和鑑定細菌。
噬菌體及藥物敏感試驗。進行噬菌體敏感性和藥物敏感性測試。
毒力測定及動物試驗。通過測定細菌的毒力和進行動物試驗來進一步確認細菌的種類和特性。
通過這些綜合方法，可以準確地鑑定細菌的種類和特性。