綾波育成計劃攻略如下：
在第3學期開學日，必須去學校。
在1/11，1/13和2/27~2/29，會有使徒來襲，需要妥善應對。
在2/14的情人節，根據好感度的不同，綾波會有不同的回禮。
在3/24，如果好感度高，綾波會在受到重創後恢復記憶，並可能有最後的回憶CG。
在3/27，赤木律子會披露綾波的秘密。
在3/29和3/30，需要面對第十七使徒並和綾波道別。
在3/31，人類補完計劃開始，遊戲結束。
隨機事件中，如綾波收到情書、發現綾波的冰櫃內有啤酒等，需要根據情況選擇合適的應對方式。
在其他日常活動中，如電影院、遊園地等，綾波的表現也會受到好感度和社會適應等因素的影響。