《緣之空》主要講述了春日野悠和他的雙胞胎妹妹穹在父母死於事故之後，來到了位於名叫奧木染的小村的祖父的家中，兩人遠離塵囂都會，開始思考接下來的生活以及彼此的存在。他們開始嘗試普通人的生活，逐漸適應鄉村生活。悠在新的環境中找到了新的朋友，過著平穩的日常生活。
然而，隨著與以前住在小鎮的少女渚一葉的意外相遇，以及與曾經自殺未遂的穹的過去有關的秘密的揭露，悠和穹平靜的鄉村生活被打亂了。兩人背負著不同的“罪”而痛苦，掙扎著做出了改變的意願和勇氣，展開了對“孤獨和無助”深入思考。故事就這樣描述了兩兄妹尋找真實身份、真實自我和愛的過程中充滿了猶豫和矛盾的心情的故事。