腐乳曲的製作方法沒有具體步驟，因為腐乳曲是一種用於製作豆腐乳的菌種，可以直接購買獲得，不需要自己製作。而使用腐乳曲製作腐乳的方法如下：
將老豆腐切成小方塊，並留出一定間隙擺放好。如果是隔夜豆腐，需要上鍋蒸2分鐘進行殺菌。
將腐乳曲粉和水混合在一起，裝到噴壺裡，然後在每一塊豆腐上均勻噴上腐乳曲。或者將腐乳曲均勻的沾在豆腐的五個面上，注意每塊豆腐前後左右要間隔一定距離，防止發酵後相互粘連。
蓋上蓋子，放在約20度的環境中發酵3天。注意期間別總去掀鍋蓋，影響發酵。可以選擇透明或半透明鍋蓋，隨時可以觀察變化。
發酵好的豆腐周圍會長出白色菌絲。此時可以準備調味料進行醃製了。不同口味的調味料配比不同，可以根據自己的口味選擇。
把每一塊豆腐上的菌絲捋平，緊緊包裹住豆腐。然後放在高度白酒里過一遍，再裹上調味料。最後裝在乾淨的罐子裡，加入醃製湯料，密封醃製10天左右就可以食用了。
需要注意的是，如果在製作過程中豆腐出現異樣的顏色和氣味，很可能是摻入了雜菌導致變質，是不可以食用的。