船長的職責主要包括以下幾個方面：
維護全船的安全和有效運作。這包括確保乘載貨物的管理和維護、航行安全、船員管理以及船舶符合港口國、國際公約以及船籍國和船東的政策。
在發生事故或緊急情況時，如旅客或船員發生事故（生病、受傷或死亡），船長需提出書面報告，並提供相關說明和證明。
船長通常不直接操控大型船舶，而是負責指揮，實際操控工作由舵工和船副負責。船長在靠離碼頭和駕駛臺甲板操縱船舶時，確保操作精準度，避免指令誤差導致的損害。
確保船舶清潔、適航性，安全處理所有貨物，管理所有人員，維護船舶的現金和商店庫存，以及保管船舶的證書和文件。
在緊急情況下，船長擁有采取非常措施應對突發事件的權力，例如採取對人、對物、對事的處分權。
船長還可能負責提供完整的航海日誌、報告、報表和文件，確保遵守國際海事組織的安全計劃，包括搜查、檢查、維護有限空間，以及應對恐怖分子、劫機者、海盜、偷渡者的威脅。
解決醫療問題，爲受影響的乘客和船員提供醫療照顧，並與岸上醫務人員合作，在必要時撤離需要更多援助的人員。
在法律規定的代理權限內，以船公司的名義同第三人爲意思表示，並將所產生的民事權利和義務直接歸於船公司承受。