良渚博物院的設計融合了現代極簡主義與良渚文化的深厚內涵，旨在展現五千年前的良渚文明。以下是該建築的特點：
建築外觀。採用厚重的石材貼面，展現出極具雕塑感的立方體形象，與周圍大面積的綠化和水系環境相得益彰。
功能布局。建築師採用體量滑移的手法，將一個大矩形切分為四個長條形體量，適應自由的場地邊界，同時設計了五個庭院，使參觀流線和庭院自然串聯。
內部設計。內部共有三個展廳，包括「發現求真」「良渚古國」和「良渚文明」，每個展廳都穿插著以良渚文化為主題的天井式庭院，帶來濃厚的歷史氛圍。
細節設計。如中心庭院中特意拔高的女兒牆，增強了庭院的縱深感和虛實對比，以及水中的石台，增添了藝術感。