芝士蛋糕的保存方法取決於是否已經開封以及保存期限的長短，以下是不同情況的保存方法：
未開封的芝士蛋糕。如果短時間內會食用，可以放在冰櫃冷藏室中，冷藏室的溫度應控制在1至7度之間，如果需要長期保存，可以選擇冷凍保存，將蛋糕切成小塊，用保鮮膜包裹後放入密封袋中，然後放入冰櫃冷凍室，冷凍可以保存1至2個月。
已開封的芝士蛋糕。如果當天食用，可以重新密封後放入冰櫃冷藏，如果不能當天食用，應放入密封容器中，並在2至3天內食用完畢，冷藏會增加1至2天的保質期。
需要注意的是，保存時應避免與其他有強烈氣味的食物一起存放，以防氣味交叉污染，同時，在食用前應將芝士蛋糕從冰櫃中取出，放置至室溫一段時間，以恢復其口感。