《花妖》講述了一段跨越千年的悽美愛情故事，故事發生在南宋時期的臨安府（今天的杭州），主角是一位窮苦的書生和一位富家千金。
這對戀人因家族反對而無法在一起，最終導致書生被殺，女千金殉情。他們的愛情故事感動了地府的閻羅王，允許他們帶著前世的記憶轉世投胎到杭州，以期重續前緣。然而，在輪迴的過程中，由於羅盤經的誤撥，兩人雖然都投胎到了杭州，卻分別被投生在不同的朝代。他們在不同的時間裡經歷了幾個世紀的輪迴，卻始終無法相遇。
這段跨越千年的愛情故事展現了生命的無常和愛情的堅韌，以及戀人之間深沉的記憶和永恆的思念。