花龜作爲變溫動物，通常在每年的11月開始進入冬眠期，並持續至次年的3月份。在自然環境中，當氣溫下降到15攝氏度以下時，花龜會開始逐漸進入冬眠狀態。在人工飼養條件下，花龜的冬眠狀態可以通過控制環境溫度來模擬，例如保持水溫在25-35攝氏度之間可以讓花龜保持活躍，而當水溫降到20度以下時，花龜會逐漸停食，進入冬眠。
在冬眠期間，花龜會減少活動，降低能量消耗，以準備度過寒冷的冬季。冬眠前，應停食半個月以上，幫助清理腸胃，以防在冬眠期間因腸胃炎死亡。冬眠的環境溫度應保持在5~10攝氏度，以防止花龜凍死。當氣溫升高到18攝氏度以上時，花龜會開始甦醒。在人工飼養條件下，可以通過控制環境溫度來適當調整冬眠的時間長度。