芽孢染色方法通常涉及以下步驟：
準備載玻片和菌株。取一片清潔的載玻片，取培養24至48小時的枯草芽孢桿菌或其他芽孢桿菌，用接種環在酒精燈火焰上灼熱滅菌後，從培養基上挑取少量菌體塗布於載玻片上的生理鹽水中，形成一層薄薄的菌膜。
乾燥和固定。讓塗片自然乾燥，然後將其置於火焰上方加熱3至4次進行熱固定，以殺死菌體，便於染色。
初染。滴加孔雀綠染液於塗片上，覆蓋塗片區域，在加熱條件下染色5分鐘，使染料進入菌體和芽孢。
脫色。加熱染色後，傾去染液，待玻片冷卻後，用細小的水流沖洗塗片，直至流出的水無顏色。
復染。用番紅染液對塗片進行復染，染色2分鐘左右，然後用同樣的方法沖洗乾淨。
觀察。瀝乾水分後，在低倍鏡和高倍鏡下找到視野，最後在油鏡下觀察，紅色長桿狀的為營養細胞，綠色橢圓形的為芽孢。
這種方法基於芽孢壁厚、透性低的特點，使染料難以進入芽孢，而菌體則更容易著色。通過這種方式，芽孢和菌體可以被區分開來。