保存菌株的方法多種多樣，主要目的是為了保持菌種的活性和特性，避免變異、污染或死亡。常用的菌種保藏方法包括：
斜面低溫保存法。將菌種接種在斜面培養基上，培養後用封口膜封存，放在4℃冰櫃中。這種方法簡單方便，適用於實驗室短期保存菌種。
液體石蠟保存法。將液體石蠟滅菌後，接種菌種在斜面培養基上，然後注入滅菌的液體石蠟，以隔絕空氣，豎直放置在4℃下保存。這種方法適用於長期保存。
深層冷凍保存法。包括凍乾保藏法、深低溫保藏法、液氮保藏法等，這些方法通過快速冷凍或降低溫度至極低水平來保存菌種。
紙片法。將菌種接種在紙上，然後冷凍保存。這種方法操作簡單，適合長期保存。
脫脂牛乳保存法。將菌種接種在脫脂牛乳中，然後密封保存。適用於某些特定菌種的長期保存。
每種方法都有其適用範圍和優缺點，選擇合適的保藏方法取決於菌種特性和保存需求。例如，對於容易變異的菌種，可能需要採用更嚴格的保存方法，如深層冷凍或液氮保藏。而對於一些特殊或不易變異的菌種，簡單的斜面保存法可能就足夠。