菩提根去皮的過程主要包括以下步驟：
開孔。首先，找到菩提根原料兩側的圓點，然後使用錐子開一個小孔，這樣可以幫助定位和打孔時保持垂直。
磨皮。使用夾子固定菩提根，然後使用鑽針比對到菩提根原料兩側的圓點上。在鑽頭上墊上薄布塊，在砂紙下面墊上海綿，打開鑽頭開關，讓鑽頭帶著菩提根在粗砂紙上快速轉動，以完成初步的去皮工作。
磨圓。初步去皮後，使用鋼管包裹砂紙，將菩提根靠近粗砂紙，打開電鑽進行打磨，使其逐漸變圓。
精細處理。根據需要的去皮程度進行調整，完全去皮可以得到類似白玉的效果，而只去除一層表皮則可能呈現出虎斑紋的效果。
此外，在去皮過程中，可以使用剪刀或台磨機的磨盤去除表面較軟的皮層；使用手電檢查菩提根內部是否有裂紋或其他缺陷；使用磨盤或手鋸將菩提根打磨成桶珠形狀，即去除頭尾部分，為後續的打孔和擴孔做準備。