沙琪瑪的由來有多種說法：
一種說法是沙琪瑪最初是由蒙古族人發明的。在蒙古帝國時期，為了攜帶方便，蒙古騎兵將麵團切成小塊後用馬奶煮熟晾乾，形成了沙琪瑪的雛形。後來沙琪瑪的製作技藝流傳到中原地區，並經過改良和創新，形成了現今的沙琪瑪。
另一種說法是沙琪瑪源於滿洲，原為滿洲的傳統甜品，也是清代關外三陵祭祀的祭品之一，由滿族入關後在北京開始流行，成為京式四季糕點之一，是當時重要的小吃。沙琪瑪的名字來源於滿語音譯，「薩其」是「sacimbi」，意為「切」，「馬」是「maribumbi」的縮音，意為「碼」，因為沙琪瑪屬於一種「切糕」，再加上「碼」的工序，即「切成方塊，然後碼起來」，便直接將滿語音譯過來，由於當時找不到漢語代稱，便音譯為「沙琪瑪」或「薩其馬」等。
此外，還有一些關於沙琪瑪名字由來的小故事，如努爾哈赤品嘗點心後命名、小僕人因恨而命名等，這些都為沙琪瑪的由來增添了趣味性。總的來說，沙琪瑪的由來具有多元性和傳奇色彩，但最可靠的說法是沙琪瑪源於滿洲，名字來源於滿語音譯。